Yeni Zelanda'nın hayvanları alışılmadık bir geçmişe sahiptir. Bilinmesi gereken en önemli şey, adaların 84 milyon yıl (mya) önce ayrıldıkları Gondwana'nın bir parçası olduğudur. Yeni Zelanda'da o zamandan kalan bazı hayvanlar ve bitkiler ile çok daha sonra oraya uçan kuşlar bulunmaktadır. Adalar, bazıları büyük türler (moalar) olan karasal kuşlarıyla tanınmaktadır. Milyonlarca yıl boyunca adaların yerli memeli etoburları yoktu ve moaların tek yırtıcıları dev Haast kartalı gibi diğer kuşlardı.
İnsanlar Yeni Zelanda'ya 1.300 yıldan daha kısa bir süre önce gelmiştir. O zamanlar ülkenin tek memelileri yarasalar (uçan) ve yüzgeçayaklılar ile deniz aslanlarıydı (yüzen). Bu, diğer topraklarda memeliler tarafından işgal edilen tüm ekolojik nişlerin Yeni Zelanda'da ya böcekler ya da kuşlar tarafından işgal edildiği anlamına geliyordu. Bu nedenle ülkede, sadece kivi ve kakapo'nun hayatta kaldığı, alışılmadık derecede çok sayıda uçamayan kuş bulunmaktadır.
Yırtıcı hayvanların yokluğu nedeniyle yarasalar bile zamanlarının çoğunu yerde geçiriyor. Ayrıca yaklaşık 60 kertenkele türü (30 kertenkele ve 30 skink) ve dört kurbağa türü (hepsi nadir ve nesli tükenmekte olan) bulunmaktadır. Kendi takımında hayatta kalan tek sürüngen olan Sphenodon'un iki tuatara türü vardır. Bu yaşayan fosiller, 200 milyon yıl kadar önce gelişen bir türün sürüngenleridir. Genom haritası çıkarılırken, türün beş ila altı milyar baz çifti DNA dizisine sahip olduğu keşfedilmiştir. Bu sürüngen artık sadece Cook Boğazı ve Plenty Körfezi'ndeki adalarda yaşamaktadır.
İnsanlar beraberlerinde Polinezya Sıçanını (Kiore) ve köpeği de getirmişlerdir. Avrupalılar daha sonra evcilleştirilmiş hayvanlarını getirdiler. Bunlardan sıçanlar, gelincikler, kediler, stoatlar ve köpeklerin hepsi orijinal Yeni Zelanda hayvanları üzerinde ciddi etkilere sahip olmuştur. Birçok türün yok olmasına neden olmuşlardır. Daha sonra Avustralya'dan kürk endüstrisi için keseli sıçanlar ve Avrupa'dan avlanacak hayvanlar olarak geyikler getirilmiştir. Her ikisi de birçok kuşun orman habitatına ciddi zarar vermiştir.
Son yıllarda insanlar büyük ya da küçük memeli hayvanları kıyılardan uzaklaştırmak için çaba sarf etmektedir. Anakaranın bazı bölgelerinde, "ekolojik adalar" oluşturmak için çitlerle çevrili alanlardaki memeliler tamamen ortadan kaldırılıyor. Wellington Şehrindeki Karori Yaban Hayatı Koruma Alanı, memelilere karşı dayanıklı bir çitin yerleştirilmesinden sonra yaklaşık bir ton ölü keseli sıçanın çıkarılması ve Maungatautari Restorasyon Projesi bunlara örnektir.
