Ayar
Oyun, Halo serisinin geri kalanıyla aynı kurgusal dünyada geçiyor. Oyunun büyük bir kısmı gelecekteki 2553 yılında, günümüzden 500 yıl sonra geçiyor. Hikayede insanlar ışıktan daha hızlı seyahat etmeyi geliştirmiş ve artık Güneş Sistemi'nin birçok gezegeninde ve uydusunda yaşamaktadır. İnsanlık başka bir yıldızın etrafındaki bir gezegende başka bir yerleşim kurmaya başladığında uzaylı Covenant ile karşılaştılar. Mutabakat insanlığa dini savaş ilan etti. Halo 2 sırasında Covenant Dünya'yı keşfetti. Halo 3'ün başlangıcında, Mutabakat Dünya'ya tam ölçekli bir istila başlatıyor.
Oyunun adındaki Halo, oyundan çok uzun zaman önce Forerunners adlı gizemli bir ırk tarafından inşa edilen bir dizi uzay süper silahının adıdır. Halo'lar, Flood olarak bilinen başka bir uzaylı ırkına karşı son savunmadır. Tufan galaksideki her canlıyı yemek için kullanmak istemektedir. Halolar aslında devasa süper silahlardır ve aktif hale getirildiklerinde galaksideki tüm yaşamı öldüreceklerdir. Tufan'ı durdurmanın tek yolu bu, tüm yiyeceklerini öldürerek onları aç bırakmak. Mutabakat bunu bilmemektedir ve yanlış bir dini kehanetin parçası olarak Haloları ateşlemeye çalışmaktadır. İlk Halo oyunu olan Halo: Combat Evolved'da insanlar ve Master Chief, Covenant'ın Halo'lardan birini ateşlemesini engellemeyi başarır. Bu süreçte onlardan birini de yok ederler. Halolardan birinin yok edilmesi acil bir durum başlatır. Halo'ların hepsi artık Ark adı verilen bir cihaz kullanılarak tek bir yerden ateşlenebilmektedir. Gerçeği hala anlamayan Mutabakat, Ark'ın gömülü olduğuna inandıkları Dünya'ya bir istila başlatır. Halo 3 hikayesi burada başlar.
Karakterler
Halo 3'ün ana karakteri Master Chief'tir. Master Chief, Spartan Projesi'nin hayatta kalan son üyesi olan süper bir askerdir. Spartan Projesi, insanlar tarafından genetik olarak, genleri kullanarak, normal bir insandan daha güçlü, daha hızlı ve daha sert askerler yapmak için başlatıldı. Halo 1 ve 2'den co-op oyunda ikinci oyuncu tarafından kontrol edilen bir başka karakter de uzaylı Elitlerin lideri Arbiter'dir. Halo 2'de bir düşmandır ancak Halo 3'te insanlarla güçlerini birleştirir. Geri dönen diğer karakterler arasında kıdemli insan asker sagent Avery Johnson, AI Cortana, robot 343 Guilty Spark ve Flood'un tehlikeli lideri Gravemind yer alıyor.
Arsa
Halo 3, Halo 2'nin bıraktığı yerden başlıyor. Oyuncu bir kez daha Dünya'ya doğru düşen Master Chief'i oynuyor. Kenya'da Mombasa şehri yakınlarına düşer. Halo ve Halo 2'nin komutanı Çavuş Avery Johnson liderliğindeki bir deniz piyadesi ekibi tarafından bulunur. Oyuncu ve deniz piyadeleri istilacı Covenant kuvvetleriyle savaşarak bir insan karakoluna ulaşırlar. Burada insan güçlerini, Mutabakat'ın Kenya çölünde gömülü buldukları bir portalı etkinleştirmesini engellemek için son bir girişimde bulunurken bulurlar. Ancak başarısız olurlar ve Covenant, Halo'ları ateşleyebilecekleri ve galaksiyi yok edebilecekleri Ark'a giden portalı açar. Covenant uzay gemisi filosu portaldan ayrıldıktan hemen sonra, büyük bir gemi Mombasa şehrine çarpar. Bu gemi Tufan tarafından ele geçirilmiştir. Master Chief rolündeki oyuncu, harap olmuş uzay aracına girip savaşmalı ve onlara portalı yeniden açmanın ve Covenant'ı takip etmenin yolunu söyleyebilecek robot Cortana'yı kurtarmalıdır. Oyuncu başarılı olduğunda, insanlar portalı yeniden açar ve Halo'ları ateşlemelerini durdurmak için Mutabakat'ın peşine düşer. Onlara ilk oyunda yok edilen Halo'nun yapımına yardım eden robotlardan biri olan 343 Guilty Spark da katılıyor. Portaldan geçtikten sonra oyuncu ve müttefikleri Ark olarak bilinen ve tüm Halo'ların ateşlenebildiği devasa, gezegen boyutundaki yapıyı keşfeder. 343 Guilty Spark liderliğindeki oyuncu, Covenant lideri Hakikat Peygamberi'nin ateş etmeye hazırlandığı Ark'ın merkezine doğru ilerliyor.
Oyuncu Hakikat Peygamberi'ni durdurmak için geldiğinde, Tufan istilasına uğramış gemi High Charity, Sandık'ı ele geçirmek için gelir. Oyuncu, Arbiter ve Johnson, Arbiter Hakikat Peygamberi'ni öldürmeden ve Haloların ateşlenmesini engellemeden önce bölgedeki tüm Tufan'ı ortadan kaldırır. Ancak oyuncunun dinlenecek vakti yoktur çünkü şimdi Tufan'ı öldürmek için Tufan istilasına uğramış uzay gemisi High Charity'nin merkezindeki nükleer reaktöre gitmesi gerekmektedir. Bu tamamlandığında, oyuncu ve Hakem gidip bir Halo halkasını etkinleştirmelidir. Bu, Ark'ı yok edecek ve Samanyolu Galaksisi'nin bu bölgesindeki tüm Tufan'ı öldürürken geri kalanını kurtaracaktır. Oyuncu ve Hakem tek Halo'yu etkinleştirmek ve Galaksiyi kurtarmak için yola çıkar. Oraya vardıklarında 343 Guilty Spark onları bu Halo'yu etkinleştirmenin tüm Ark'ı ve Halo'nun kendisini yok edeceği konusunda uyarır. Oyuncu uyarıyı görmezden gelir. Bu 343 Guilty Spark'ı kızdırır. Sergent Johnson'ı öldürür ve 'kendi' Halo'sunun yok edilmesini önlemek için Master Chief'i öldürmeye çalışır. Bu aslında oyunun son 'patron savaşı'dır. Oyuncu robotu yener ve Halo'yu etkinleştirir. Bir geri sayım başlar ancak Master Chief ve yapay zeka Cortana rolündeki oyuncu için artık çok geçtir. Kendilerini götürecek bir uzay aracına binmeyi başarırlar ancak araç patlamaya yakalanır ve ikiye bölünür. Master Chief'in öldüğü varsayılır.
Oyuncu oyunu herhangi bir zorlukta tamamlarsa, jenerikten sonra Master Chief ve Cortana'nın hayatta kaldığını görürsünüz. Eğer oyunu "Legendary" zorluk seviyesinde bitirirseniz, jenerikten sonra alternatif bir son görebilirsiniz.