Gelecekten beş yüz yıl sonra, insanlık Dünya'yı terk etmiştir. Tüm insanlar yeni ve büyük bir yıldız sistemine taşındı. Sistem İttifak tarafından kontrol ediliyor. "Çekirdek gezegenlerden" uzakta, kargo gemisi Serenity'nin mürettebatı gibi insanlar, İttifak gemilerinden ve "Kenar" gezegenlerini yağmalayan uzay yamyamları Reaver'lardan uzak dururlarsa geçimlerini sağlayabilirler. İttifak'ın projelerinden biri de zihinsel güçlere sahip bir grup savaşçı yaratmaktır. Bu projenin yıldızı genç River Tam'dir. Ağabeyi Simon onu kurtardıktan sonra, İttifak Parlamentosu, adı, rütbesi veya resmi varlığı olmayan bir adam olan "Operatif "i onların peşine gönderir.
River ve Simon Serenity'nin mürettebatına katıldıktan yaklaşık sekiz ay sonra, geminin kaptanı Malcolm "Mal" Reynolds River'ı da yanına alarak bir banka soymaya gider. Onlar bankayı soyarken, Reaver'lar saldırır. Serenity'ye geri kaçtıktan sonra Simon, Mal ile tartışır. Mal, Simon ve River'ı bir sonraki duraklarında bırakmaya karar verir. Bir sonraki duraklarında River, İttifak tarafından bir reklamda yayınlanan bilinçaltı mesajı nedeniyle bir kavga başlatır. Mürettebat Bay Evren olarak bilinen bir tekno-geek ile konuşurken Mal, Simon ve River'ın Serenity'de seyahat etmeye devam etmesine izin verir. Bay Evren, uzayda insanların orada bir gezegen olduğunu görmesine izin vermeyen dev bir nesne bulutunun içindeki bir gezegende yaşamaktadır. Bay Evren bir dövüş videosu izler ve subliminal mesajı bulur. River'ın "Miranda" adını söylediğini de görür. Mal, eski bir yolcu olan Inara'dan bir telefon alır. Bunun bir tuzak olduğunu bilmektedir ama aynı zamanda onun tehlikede olması gerektiğini de bilmektedir. Mal onun yanına gider. Operatif ile karşı karşıya gelir. Operatif, Mal'a River'ı kendisine teslim ederse gitmesine izin vereceğini söyler. Mal bunu reddeder ve Operatif'ten kaçarak Serenity'ye geri dönerler. Mürettebat "Miranda "nın güneş sisteminin sınırına yakın bilinmeyen bir gezegen olduğunu öğrenir. Miranda'ya ulaşmak için Reaver bölgesine geçmeleri gerekmektedir. Bunun çok tehlikeli olduğunu düşünürler. Serenity bunun yerine başka bir eski yolcu olan Shepherd Book'un evi olan Haven'a gider. Cennet'e vardıklarında, mürettebat buranın İttifak tarafından saldırıya uğradığını görür. Ayrıca Shepherd Book'un çok kötü yaralandığını ve ölmekte olduğunu görürler. Operatif, bunu kendisinin yaptığını söyleyen bir mesaj gönderir. Nehir kendisine verilene kadar böyle şeyler yapmaya devam edeceğini söyler.
Mal, Serenity'nin bir Reaver gemisi gibi görünmesini emreder. Kılık değiştirmiş gemiyi bir Reaver savaş gemisi filosunun içinden geçirirler. Miranda'ya vardıklarında, mürettebat orada yaşayan herkesin öldüğünü görür. Her yerde cesetler vardır ama insanların nasıl öldüğünü anlayamazlar. Mürettebat, felaketten sonra bir İttifak gemisi tarafından çekilmiş bir video bulur. Videoda İttifak'ın saldırganlığı durduracak ve gezegeni şiddetten arındıracak bir kimyasal ürettiği yazmaktadır. Kimyasal o kadar işe yaramıştır ki, insanlar yemek yemek dahil her şeyi yapmayı bırakmış ve kendilerini ölüme terk etmişlerdir. İnsanların yüzde onunda ise kimyasal tam tersi bir etki yaratmış. Onları çok saldırgan hale getirdi ve zihinsel sorunlara yol açtı: Onlar da Yağmacılar oldular. Mal, Bay Evren'in ekipmanlarını kullanarak bu sırrı tüm dünyalara göstermek istedi. Operatif nereye gittiklerini anlar ve bir İttifak filosuyla birlikte Reaver uzayının hemen dışında bekler. Operatif'in onları bekliyor olabileceğini bilen Serenity, geri dönerken Reaver gemilerinden birine ateş açar. Diğer Reaver gemileri peşlerine düşer. Serenity Reaver uzayını terk eder ve tüm Reaver filosu tarafından kovalanırken Bay Universe'ün gezegeninin etrafındaki bulutun içinden geçer. İttifak ve Reaverlar arasında büyük bir savaş yaşanır. Savaş, Serenity'nin pilotu Wash'un gezegene uçmasını sağlar. Operatif'in gemisi yok edilir ve o da bir kaçış kapsülüyle gezegene gider.
Serenity gezegene düşer. Gemi çok ağır hasar görürken, mürettebat hayatta kalmayı başarır. Tam herkes rahatlamaya başlamışken, bir Reaver zıpkını Wash'a isabet eder ve onu öldürür. Mürettebat Serenity'den ayrılır ve Reaver'larla savaşacak bir yer bulurken, Mal Bay Evren'e ulaşmaya ve mesajı göndermeye gider. Mal, Bay Evren'in öldürüldüğünü ve ekipmanlarının yok edildiğini görür. Ona gizli bir yedek vericiden bahseden bir mesaj bulur. Yağmacılar mürettebata saldırır ve onları geri çekilmeye zorlar. Mürettebat bir patlama kapısını kapatmaya çalışır ama kapı tam olarak kapanmaz. River kapıdaki delikten dalar ve diğer taraftan kapatır. Bu onu Yağmacılarla birlikte tuzağa düşürür. Mal diğer vericiye ulaşır. Operatif de oraya ulaşır ve savaşırlar. Mal kazanır ama Operatörü öldüremez. Onu Miranda'nın yayınladığı videoyu izlemesi için bırakır. Mal ekibine geri döner. River'ın ne yaptığı kendisine söylendiğinde, patlama kapısı açılır ve River'ın büyük bir ölü Reaver yığınının üzerinde yara almadan durduğu görülür. Bir grup İttifak askeri ortaya çıkar ama Operatif videoda gördükleri yüzünden onlara savaşmamalarını emreder. Mürettebat ölülerini gömer ve Serenity'yi tamir eder. Serenity, Wash'un koltuğunda pilot olarak Mal ve yardımcı pilot olarak River ile gezegenden ayrılır.
