Hantuchová 1989 yılında, 15 yaşındayken profesyonel tenis oyuncusu oldu. Eğitimine Florida'da başladı, ancak yine de çalışmak için Bratislava, Slovakya'ya geri döndü. İlk WTA turnuvasını 2000 yılında Bratislava'da kazandığı çiftler şampiyonluğu ile kazandı. 2001 yılında Avustralya Açık'ta ilk Grand Slam turnuvasını oynadı. Hantuchová Avustralya'daki ilk maçında Rus oyuncu Anna Kournikova'ya yenildi. Ancak, Çek oyuncu Leos Friedl ile oynadığı karışık çiftler turnuvasını kazandı. Hantuchová ikinci WTA çiftler turnuvasını Lüksemburg'da Rus oyuncu Elena Bovina ile kazanarak kazandı. Yılı ilk 100'de tamamladı ve 2001'in en iyi yeni oyuncusu olduğu için Kadın Tenisçiler Birliği (WTA) tarafından ödüllendirildi.
Hantuchová 2002 yılında hem Wimbledon Şampiyonası'nda hem de Amerika Açık'ta çeyrek finalde kaybetti. Ancak, Zimbabveli Kevin Ullyett ile oynayarak Avustralya Açık'ta karışık çiftleri kazandı. Ayrıca Avustralya'da İspanyol oyuncu Arantxa Sanchez Vicario ile oynadığı çiftlerde ikinci oldu. Ullyett ile birlikte aynı sezon Wimbledon'da karışık çiftler finalini kaybetti. Kaliforniya'daki Indian Wells Masters turnuvasında İsviçreli Martina Hingis'i yenerek ilk tekler WTA turnuvasını kazandı. Ayrıca Amerika Birleşik Devletleri'nde Florida ve Connecticut'ta iki WTA çiftler turnuvası daha kazandı. Her iki turnuvayı da Arantxa Sanchez Vicario ile kazandı. Hantuchová sezonu ilk 10'da tamamladı ve WTA tarafından 2002 yılında en çok gelişme gösteren oyuncu ödülüne layık görüldü. Ocak 2003'te Hantuchová dünyanın en iyi beşinci kadın tenisçisiydi. Haziran 2008 itibariyle, bu onun en iyi derecesidir. Daha sonra 2003 yılında İngiliz koçu Nigel Sears'tan ayrıldı.
Sears 2004 ve 2005'te Hantuchová'ya tekrar koçluk yaptı ve Hantuchová Fransa Açık ve Amerika Açık'ta karışık çiftler şampiyonu oldu. Bu, Hantuchová'nın dört Grand Slam karışık çiftler turnuvasını da kazandığı anlamına geliyor. Haziran 2005'te Japon oyuncu Ai Sugiyama ile birlikte İngiltere'nin Birmingham kentinde düzenlenen WTA tur çiftler turnuvasını kazandı. Aynı çift Fransa Açık'ta çiftler finalinde ikinci oldu. Hantuchová, Ekim 2004'te Rus oyuncu Anastasia Myskina ile Almanya'da altıncı WTA çiftler şampiyonluğunu kazandı.
Hantuchová ve Sugiyama Mart 2006'da bu kez Katar'ın Doha kentinde düzenlenen bir başka çiftler turnuvasını kazandı. Hantuchová nihayet Nisan 2006'da koçu Sears ile temelli olarak ayrıldı. Mayıs 2006'da İtalya'nın Roma kentinde yine Ai Sugiyama ile birlikte sekizinci WTA çiftler turnuvasını kazanmaya devam etti. Hantuchová Mart 2007'de Indian Wells'te Svetlana Kuznetsova'yı yenerek ikinci tekler WTA Turu şampiyonluğunu kazandı. Ardından Ekim 2007'de Avusturya'da Linz'de İsviçreli oyuncu Patty Schnyder'i yenerek üçüncü tekler Turu şampiyonluğunu kazandı. Hantuchová 2008 Avustralya Açık yarı finalinde Sırp oyuncu Ana Ivanović'e kaybetti. Ayrıca Haziran 2008'de Wimbledon'da ikinci turda kaybetti. Yarı finalden bu yana Hantuchová Grand Slam turnuvalarının hiçbirinde dördüncü turun ötesine geçemedi.
Hantuchová ayrıca Fed Cup adı verilen uluslararası tenis yarışmasında Slovakya adına tenis oynamıştır. Temmuz 2011 itibariyle 44 maç oynamış ve bunların 29'unu kazanmıştır. Slovakya'nın 2002 yılında Fed Cup'ı kazanmasına yardımcı olmuştur. 2004 yılında Yunanistan'ın Atina kentinde düzenlenen Olimpiyat Oyunlarında Slovakya adına oynamıştır. Spor giyim şirketi Nike ve raket üreticisi Prince tarafından desteklenmektedir. Ekim 2011 itibariyle tenis oynayarak 7,9 milyon doların üzerinde para kazanmıştır. Sadece tenis turnuvalarından bu kadar para kazanan ilk Slovak kadındır.
.svg.png){kind=small}
;_Flag_of_Serbia_and_Montenegro_(2003–2006).svg.png){kind=small}
