George Washington Parke Custis, Martha Washington'ın torunuydu ve Martha ve George Washington ile birlikte büyüdü. Şu anda Arlington Ulusal Mezarlığı olan araziyi 1802 yılında aldı. Eşi Mary Lee Fitzhugh Custis ile birlikte yaşadığı Arlington House'u inşa etmeye başladı. Arazi ve ev, yetişkin olan tek çocukları Mary Anna Custis Lee'ye verildi. Mary Anna Custis Lee, West Point mezunu ve Birleşik Devletler Ordusu subayı olan Robert E. Lee ile evlendi. Amerikan İç Savaşı'nın başında Sumter Kalesi teslim olmaya zorlandığında, Başkan Abraham Lincoln Lee'den federal ordunun generali olmasını istedi. Lee hemen bir cevap vermedi, ancak memleketi Virginia eyaletinin Birlik'ten ayrılıp ayrılmayacağını görmek için bekledi.
Virginia Birleşik Devletler'den ayrılacağını söylediğinde Lee federal ordudan ayrıldı. Kendi eyaletine karşı savaşamayacağına karar verdi. Virginia Eyaleti'nin silahlı kuvvetlerinin lideri oldu. Daha sonra Kuzey Virginia Ordusu'nun komutanı oldu. Lee büyük bir komutandı ve Birlik güçlerine karşı birçok savaş kazandı. Birlik subaylarının çoğu Lee'nin Birlik'e verdiği sözleri tutmadığını düşünüyordu çünkü onlara karşı savaşmayı seçmişti. Arlington'ın bir kısmı Lee ailesinin elinden alındı ve mezarlık haline geldi. Çoğunlukla Birlik ölüleri oraya gömülmüştür.
İç Savaş'tan önce Amerika Birleşik Devletleri'nde sadece askerlere ait büyük mezarlıklar yoktu. Önemli generaller, diğer önemli liderlerle birlikte Kongre Mezarlığı'na gömülürdü. Amerikan askeri mezarlıklarına uzak sınırlarda ve çok sayıda askerin öldüğü savaşların ve hastanelerin yakınlarında ihtiyaç vardı. Ölü İç Savaş askerleri Washington, D.C. yakınlarındaki mezarlık alanlarını doldurunca, Levazım Generali Montgomery C. Meigs 1864 yılında Arlington'daki Robert E. Lee ailesine ait 200 dönümlük (81 hektar) arazinin mezarlık olarak kullanılmasını önerdi.
İç Savaş sırasında insanlar, savaşın diğer tarafında savaşan Amerikalıları yakalamak ya da hayatlarını zorlaştırmak için hileler icat ettiler. Hükümet mülkler üzerinden vergi tahakkuk ettirdi ve mülk sahiplerinin bu vergileri ödemek için şahsen gelmeleri konusunda ısrar etti. Eğer çiftlik sahibi gelmezse, hükümet araziyi satacaktı. Hükümet 1864'te Arlington'ı vergi satışından 26,800 dolara satın aldı. Bayan Lee bizzat gelmemiş, bunun yerine arazi için ödenmesi gereken 92.07 dolarlık emlak vergisini ödemesi için bir temsilci göndermişti. Hükümet vergi ödemesini kabul etmeyerek temsilcisini geri çevirdi. 1874 yılında, büyükbabasının vasiyeti üzerine araziyi annesine bırakan varis Custis Lee, Arlington'ın kendisine ait olduğunu iddia ederek ABD'ye dava açtı. ABD Yüksek Mahkemesi, United States v. Lee davasında 5-4 Lee'nin lehine karar vererek Arlington'un yasa dışı olarak alındığına hükmettikten sonra Kongre araziyi Lee'ye iade etti. Ertesi yıl Custis Lee araziyi 150.000 $ karşılığında hükümete geri sattı. Custis Lee ve Savaş Bakanı ve Başkan Lincoln'ün oğlu Robert Todd Lincoln, arazi resmi olarak hükümete devredilirken hazır bulundular.
2011 yılında Irene Kasırgası mezarlıktaki altı büyük ağacı öldürmüştür. 220 yıllık "Arlington Meşesi" John F. Kennedy'nin mezarının yakınına devrildi.