Kansas 29 Ocak 1861'de 34. eyalet oldu.
1860'larda Kansas'ta pek çok önemli olay meydana geldi. Kansas İç Savaş'taydı, sığır sürüleri vardı, erken içki yasağı vardı ve batı Kansas'ta Amerikan Kızılderili Savaşları başlamıştı.
İç Savaş
Wyandotte Anayasası Kansas'ı özgür bir eyalet haline getirdi. Kansas halkı Birliği sevdi. Kansas Birlik içinde kaldı. Kölelik yanlısı insanlar hala Kansas'a saldırıyordu. Bu kölelik yanlısı insanların çoğu Missouri'den geliyordu.
İç Savaş başladığında Kansas'ın resmi bir ordusu yoktu. Silahları ya da malzemeleri yoktu. 1859 ve 1860 yıllarında Kansas'ta ordu kullanılmadı. Sadece durdular.
Kansas'a 29 Konfederasyon saldırısı oldu. En kötüsü Quantrill'in 1863'te Lawrence'a yaptığı baskındı. Missouri'deki birçok "Jayhawker" saldırısına bir cevaptı.
Lawrence Katliamı
Birlik Tuğgenerali Thomas Ewing, Jr. Konfederasyon gerillalarına yardım eden kadınların hapse atılması emrini verdikten sonra hapishanenin çatısı çöktü. Bu olayda beş kişi öldü. Bu ölümler Missouri'deki gerillaları kızdırdı. 21 Ağustos 1863'te William Quantrill, Quantrill'in Lawrence'a yaptığı baskını yönetti. Şehrin büyük bir kısmını yaktı. 150'den fazla erkek ve çocuğu öldürdüler. Quantrill bu saldırıyı yapmakta bir sakınca görmüyordu çünkü bu saldırı, Jayhawker'ların Güneylilere yaptığı kötülüklerin intikamını alacaktı.
Baxter Springs
Baxter Springs Savaşı (bazen Baxter Springs Katliamı olarak da adlandırılır) Savaşta küçük bir muharebeydi. Olay 6 Ekim 1863 tarihinde, günümüz Kansas eyaletinin Baxter Springs kasabası yakınlarında meydana gelmiştir. Osage Muharebesi olarak da bilinen Mine Creek Muharebesi bir süvari muharebesiydi. Savaş sırasında Kansas'ta meydana gelmiştir.
Marais des Cygnes
25 Ekim 1864'te Kansas, Linn County'de Marais des Cygnes Savaşı meydana geldi. Trading Post Muharebesi, Tümgeneral Sterling Price ile Tümgeneral Alfred Pleasonton komutasındaki Birlik kuvvetleri arasında gerçekleşmiştir. Price, Birlik güçleri tarafından püskürtüldü. Bu, yenilgi nedeniyle Kansas City'den kaçtıktan sonraydı.
Kansas'ta Kızılderili Savaşları
Fort Larned (Kansas'ın merkezinde) 1859 yılında Orta Ovalarda yaşayan düşman Amerikan yerlilerine karşı askeri operasyonlar için bir üs olarak inşa edilmiştir. Ayrıca Santa Fe Yolu boyunca trafiği korumak için de inşa edilmiştir. 1861'den sonra, 1861 Fort Wise Antlaşması hükümleri uyarınca Kızılderili İşleri Bürosu tarafından Central Plains Kızılderililerinin idaresi için bir ajans haline geldi.
Kansas Pasifik Demiryolu
1863'te Union Pacific Doğu Bölümü (1869'da Kansas Pacific olarak yeniden adlandırıldı) Birleşik Devletler Kongresi'nin Pasifik Demiryolu Yasası ile oluşturuldu. Union Pacific'in yanı sıra kıtalararası demiryolunun güney kısmını oluşturmak için oluşturuldu. Pasifik Demiryolu Yasası ayrıca demiryoluna ana hattı boyunca büyük arazi bağışları da yarattı. Şirket, Eylül 1863'te Kansas City'den batıya doğru ana hattının inşasına başladı.
| Tarih | Büyük kavşaklar |
| 1863 | Kansas City |
| 1864 | Lawrence |
| 1866 | Junction City |
| 1867 | Salina |
| 1870 | Denver |
İç Savaş'tan sonra birçok demiryolu planlandı, ancak hepsi gerçekten inşa edilmedi. 1873 Paniği finansman sağlamayı zorlaştırdı. Arazi spekülatörleri ve yerel destekçiler birçok potansiyel kasaba belirledi. Demiryolunun ulaştığı kasabaların bir şansı vardı, diğerleri ise hayalet kasabalar haline geldi. Kansas'ta yaklaşık 5000 kasabanın haritası çıkarıldı. Ancak 1970 yılına gelindiğinde sadece 617 tanesi kullanılıyordu. 20. yüzyılın ortalarında, bir kasabanın hayatta kalıp kalmayacağını eyaletler arası bir borsaya yakınlığı belirliyordu.
Sığır sürücüleri
İç Savaş'tan sonra demiryolları Teksas'a gitmedi. Bunun yerine sığırlarını Kansas'a getirdiler. Sığırlar Kansas'a vardıklarında Kansas Pasifik Demiryolu ile doğuya giden bir trene bindiriliyordu.
1871'de Wild Bill Hickok, Abilene, Kansas'ın şerifi oldu. Orada John Wesley Hardin ile dövüştü. Hickok onu etkisiz hale getirdikten sonra kaçtı. Hickok aynı zamanda Fort Riley'de şerif yardımcısıydı. Vahşi Batı'da Hays'de de şerifti. 1880'lerde Greensburg, Kansas'ta Santa Fe ve Rock Island demiryollarına su sağlamak için büyük bir kuyu inşa edildi. Kuyu 109 feet (33 m) derinliğinde ve 32 feet (9,8 m) çapındadır. Bu da onu dünyanın en büyük elle kazılmış kuyularından biri yapmaktadır.
Coronado, Kansas 1885 yılında kurulmuştur. Amerikan Batı tarihinin en kanlı ilçe merkezi kavgalarından birine karışmıştır. Çatışmada 27 Şubat 1887'de çok sayıda kişi öldü ve yaralandı.
Exodusters
1879'da birçok siyah güney eyaletlerinden ayrılarak Kansas'a geldi. Geldiler çünkü orada ucuz arazi ve daha iyi muamele vardı. Bu insanlara göçmenler deniyordu. Kansas'ta 1877'de Nicodemus, Kansas70000 gibi küçük kasabalar kurdular.
Yasak
19 Şubat 1881'de Kansas alkolü yasadışı ilan eden ilk eyalet oldu. Bu, temperance hareketi ile başladı. 1890'dan sonra içki yasağı ve ilerlemecilik bir araya geldi. Bu bir reform hareketi yarattı. Bu hareket 1905'ten 1919'a kadar dört reformist valinin seçilmesine yol açtı. Bu valiler aşırı yasakçı yasalar istediler. Kansas 1948 yılına kadar alkolü tekrar yasal hale getirmedi. Kansas 1987 yılına kadar halka açık barların yasal olmasına izin vermedi. Kansas 2005 yılına kadar insanların Pazar günleri alkol satın almasına izin vermedi. Birçok şehir hala buna izin vermemektedir. Kansas'ta 29 ilçe "kuru" olarak kabul edilmektedir.