Hikaye, 2154 yılında uzak bir gezegenin uydusu olan Pandora'da geçiyor. Film, Jake'in Pandora'ya gitmeden önce Dünya'da bir barda kavgaya karışmasıyla açılıyor. Pandora, uzak bir gezegen sistemindeki Dünya benzeri kurgusal bir aydır.
Bazı insanlar, unobtanium adı verilen çok değerli bir mineralin kaynağı olduğu için Dünya'dan Pandora'ya seyahat etmişlerdir. Bu mineralin en büyük yatağı, yerel Na'vi halkının "Hometree" (Na'vi dilinde kelutral) adını verdiği büyük bir ağacın altındadır. Bu ağaç Na'vi halkı için çok önemlidir. Parker Selfridge (Giovanni Ribisi tarafından canlandırılan) madencilik operasyonunun askeri lideridir. Güvenlik için deniz piyadelerini kullanır. Denizcilerin unobtanium madenciliğine başlamadan önce Na'vi halkını taşımaları gerekmektedir. Bunu birçok kez yapmaya çalışmışlardır. Na'vi'lere giysi, eğitim ve benzeri şeyler teklif etmişler ama hiçbiri işe yaramamış. Bir sonraki planları orayı havaya uçurmak.
Pandora'da Na'vi'ler yaşar. Kedigil özellikleri olan mavi tenli bir insansı türüdür. Fiziksel olarak Na'vi'ler insanlardan çok daha güçlü ve uzun boyludur. Doğa ile uyum içinde yaşarlar ve Eywa adında bir ana tanrıçaya taparlar. Pandora'daki insan bilim insanları Na'vi kültürünü öğrenmek isterler. Bunu yapmak için "avatarlar" yarattılar. Avatarlar, insan DNA'sı ile değiştirilmiş Na'vi bedenleridir. İnsan operatörler tarafından zihinsel olarak kontrol edilirler. Bu avatarlar Na'vi halkıyla etkileşime girerek barış yaratmaya çalışmak için kullanılıyor. Jake Sully (Sam Worthington tarafından canlandırılan) felçli bir denizcidir. Kardeşi avatar operatörü olmak üzere eğitilmiş bir bilim adamıydı. Kardeşi öldükten sonra, Jake avatarı kontrol etmek için onun yerine geçer. Jake, Na'vi'lerle ilişki kurma görevini alır. Amacı Na'vi'lerin Hometree'den uzaklaşmasını sağlamaktır, böylece insanlar orada unobtanium madenciliği yapabilecektir. Bunu yapmak için Na'vi'lerle arkadaş olmalı, böylece onları harekete geçirmek için ne gerektiğini öğrenebilmeliydi. Bir avatar uzmanı olan Grace (Sigourney Weaver tarafından canlandırılan) gibi pek çok kişi Jake'in faydalı olmak için yeterli deneyim ve zekaya sahip olmadığını düşünüyordu. Avatar formundaki bir görevde, ormanda kaybolur.
Jake'in avatarı, dişi bir Na'vi olan Neytiri (Zoe Saldana) tarafından kurtarılır. Neytiri, Jake'i klanı Omaticaya'nın yaşadığı Hometree'ye götürür. Bir şaman olan Neytiri'nin annesi Jake'e ilgi gösterir. Kızından Jake'e kendi kültürlerini öğretmesini ister. Jake ve Neytiri birlikte Pandora'da birçok macera yaşarlar. Neytiri, Jake'e her canlının sahip olduğu ruhu gösterir. Jake Na'vi'lere ilk geldiğinde saygı görür. Ona "gökyüzü hayalcisi" derler. Kültürlerini öğrendikten sonra hepsini etkiler ve saygılarını kazanır. Omaticaya klanının bir üyesi olur ve onlardan biri olarak görülür. İlk başta Neytiri ondan hoşlanmaz. Daha yetenekli ve onunla eşit hale geldikçe dostlukları gelişir. Eywa ağacının altında çiftleşirler. İlk başta Neytiri'nin babası bu duruma çok kızar. Zamanla bunu kabullenir.
Zaman geçer ve Jake Na'vi halkını harekete geçiremez. Park Selfridge bunu görür. Jake'e çok uzun sürdüğünü ve Hometree'yi bombalayacaklarını söyler. Jake Na'vi halkını uyarmaya çalışır. Na'vi halkı, bunun olacağını bildiği için kendilerine ihanet ettiğini düşünür. Na'vi halkı karşı koymaya çalışır ama ok ve yayları deniz piyadelerine karşı işe yaramaz. Hometree bombalanır ve binlerce Na'vi insanı ölür. Neytiri'nin babası da ölenlerden biridir. Jake ve Grace başarısız olmuştur. Na'vi'lerle savaştıkları için maden şirketi tarafından hapse atılırlar.
Trudy (Michelle Rodriguez tarafından canlandırılan) adlı bir kadın deniz pilotunun yardımıyla bir helikoptere binerek kaçarlar. Avatar moduna geçmek için yakındaki bir üsse giderler. Daha sonra Na'vi'leri görmek için Hometree'ye giderler. Jake, Na'vi halkına hâlâ savaşmaları gerektiğini söyler. Onları eğitmek için Na'vi savaşçılarından birine katılır. Kısa süre sonra, topraklarını savunmak için daha fazla Na'vi gelir. Denizciler Na'vi'leri hareket ettirmek yerine onları yok etmeyi seçerler. Birçok insan bunun doğru olmadığını düşünür. Bunun insanlık dışı olduğunu düşünürler. Bu insanlar dinlenmez ve Denizciler Na'vi'lere saldırmaya gider. Denizciler ve Na'vi'ler arasında çok büyük bir savaş olur. Denizciler kazanacak gibi göründüğünde, Pandora'daki hayvanların çoğu savaşa katılır. Na'vi'lerle birlikte denizcilere karşı savaşırlar. Savaşın sonuna doğru Jake, avatarıyla Parker Selfridge ile dövüşür. Neredeyse ölmek üzereyken Neytiri onu kurtarır. Na'vi sonunda kazanır ama birçoğu ölür. Savaştan sonra, Denizciler Dünya gezegenine evlerine gönderilir. Jake Sully kalıcı olarak avatarına dönüşür ve Neytiri ile birlikte Na'vi'lerin lideri olur.
.svg.png){kind=small}
.svg.png){kind=small}
.svg.png){kind=small}
